Nie wszyscy są zadowoleni z konstrukcji nowej drogi wodnej prowadzącej do portu w Elblągu. Mieszkańcy niewielkiej miejscowości Nowakowo domagają się rekompensaty za szkody, jakie ich nieruchomości poniosły w wyniku tego przedsięwzięcia. Ponadto, wyrażają niezadowolenie związanym z długotrwałym oczekiwaniem na przepust pod mostem obrotowym nad rzeką Elbląg, który jest otwarty na czas przepływu statków. Wywołuje to u nich pytania, czy również pojazdy służb ratunkowych takie jak ambulansy lub wozy strażackie będą musiały poddawać się takim samym opóźnieniom.
Choć od uroczystego otwarcia tzw. przekopu Mierzei Wiślanej, które miało miejsce 17 września dwa lata temu, minęło już sporo czasu, to nadal nie można mówić o pełnym funkcjonowaniu kanału żeglugowego do elbląskiego portu. Chociaż rozpoczęto prace przy torze wodnym na rzece Elbląg, to jednak nadal nie wybrano wykonawcy, który miałby podjąć niezbędne prace w porcie. Dodatkowym utrudnieniem okazuje się niezadowolenie mieszkańców sąsiednich miejscowości, którzy wyrażają swoje obawy dotyczące wpływu nowego projektu na ich życie.
Zwłaszcza mieszkańcy Nowakowa, wsi położonej na obszarach depresyjnych lewego brzegu rzeki Elbląg, wyrażają swój sprzeciw. Przez wiele lat musieli oni zmagać się z ryzykiem powodzi wynikającym z tzw. cofki wody na Zalewie Wiślanym podczas silnych północnych wiatrów. Mimo że wzrost bezpieczeństwa przeciwpowodziowego poprzez umocnienie rzeki Elbląg oraz budowę mostu obrotowego nad jej korytem miały poprawić ich sytuację, to jednak mieszkańcy nadal czują się pokrzywdzeni.